Identification of enteric viruses from raw water using fluoro-immuno-magnetic separation coupled to RT-PCR / Identificación de virus entéricos en aguas crudas usando separación inmuno-magnética acoplada a RT-PCR

Abstract | Introduction: Enteric viruses have been associated with the production of a variety of diseases transmitted by the fecal-oral route and carried through contaminated food and water. Given their structure and composition, they are highly resistant to environmental conditions and most of the chemical agents used in the purification processes. Therefore, the systematic monitoring of raw water is necessary to ensure its quality especially when it is used for producing drinking water for human consumption. Objective: We identified the presence of rotavirus and hepatitis A virus by means of the fluoro-immuno-magnetic separation technique (FIMS) in raw water taken from four purification plants and their water supplies in the department of Norte de Santander. Materials and methods: The viruses were captured and separated from the water samples using magnetic microparticles functionalized with monoclonal anti-Hepatitis A and anti-Rotavirus antibodies. Confocal microscopy was used to monitor the viral concentration process and transmission electron microscopy for the morphological visualization of the separated viruses. The reverse transcriptase-coupled polymerase chain reaction (RT-PCR) was applied to confirm the presence of pathogens. Results: The two enteric viruses were identified in the majority of the analyzed water samples including water supply sources. Conclusion: We determined that the FIMS technique together with RT-PCR is highly effective for the detection of viral pathogens in complex matrices such as raw water.

Resumen | Introducción. Los virus entéricos se asocian con una serie de enfermedades transmitidas por vía fecal-oral en alimentos o agua contaminada. Dada su estructura y composición, son muy resistentes a las condiciones ambientales y a la mayoría de los agentes químicos empleados en los procesos de potabilización, por lo cual es necesario un monitoreo sistemático del agua cruda para asegurar su calidad, máxime cuando se emplea como materia prima en la producción de agua potable para consumo humano. Objetivo. Determinar la presencia de rotavirus y del virus de la hepatitis A mediante la técnica de separación fluoro-inmuno-magnética en agua cruda procedente de cuatro plantas de potabilización y sus fuentes hídricas en el departamento de Norte de Santander. Materiales y métodos. Los virus fueron capturados y separados a partir de las muestras de agua, empleando micropartículas magnéticas funcionalizadas con anticuerpos monoclonales anti-hepatitis A y anti-rotavirus. Se empleó microscopía confocal para hacer el seguimiento del proceso de concentración viral y, microscopía electrónica de transmisión, para la visualización morfológica de los virus separados. La reacción en cadena de la polimerasa acoplada a transcriptasa inversa (RT-PCR) se utilizó para confirmar la presencia de los patógenos. Resultados. Los dos virus entéricos se detectaron en la mayoría de las muestras de agua analizadas, incluidas las de sus fuentes hídricas. Conclusión. La técnica de separación fluoro-inmuno-magnética acoplada a RT-PCR fue altamente efectiva en la detección de patógenos virales en matrices complejas como el agua cruda.

Variabilidad genética en regiones codificantes del antígeno de superficie y el dominio de la transcriptasa inversa de la polimerasa del virus de la hepatitis B, Colombia, 2002-2014 / Genetic variability in coding regions of the surface antigen and reverse transcriptase domain of hepatitis B virus polymerase, Colombia, 2002-2014

Introducción. Se estima que 240 millones de personas en el mundo tienen infección crónica con el virus de la hepatitis B (HBV). En Colombia, la endemia es variable y circulan diferentes genotipos virales. Las mutaciones a lo largo del genoma se han asociado con resistencia antiviral, el escape ante la reacción de anticuerpos neutralizadores tras la vacunación o a la infección natural, la infección oculta y la progresión a carcinoma hepatocelular. Objetivo. Identificar los genotipos y las mutaciones presentes en la región codificante del antígeno de superficie (S) y del dominio de la transcriptasa inversa (reverse transcriptase, RT) de la polimerasa del HBV en muestras de suero remitidas al Instituto Nacional de Salud de Colombia para el diagnóstico de hepatitis B, entre el 2002 y el 2014. Materiales y métodos. En 495 muestras de suero positivas para el antígeno de superficie de la hepatitis B (HBsAg) se buscó el ADN viral, se amplificó y secuenció un fragmento de 1.591 nucleótidos y, posteriormente, se hizo el análisis filogenético correspondiente. Resultados. En 66 de las muestras se logró detectar el genoma viral y 28 de ellas se secuenciaron exitosamente. El análisis filogenético permitió identificar los genotipos y subgenotipos F3 y A2. Una muestra presentó simultáneamente las sustituciones de resistencia L180M y M204V, otra presentó la sustitución I169L y en una se identificó la mutación P120Q, previamente asociada con variantes de escape. Dos muestras presentaron una deleción de 105 nucleótidos en la región preS1-preS2. Conclusiones. Se corroboró la circulación en Colombia de los genotipos y subgenotipos F3 y A2, así como la presencia de mutaciones de resistencia y escape. El presente estudio constituye un aporte a la epidemiologia molecular del HBV en Colombia.

Introduction: Despite the availability of an effective vaccine and treatment to reduce the viral load and progressive hepatocellular injury, approximately 240 million people worldwide are chronically infected with the hepatitis B virus (HBV). In Colombia, the circulation of different viral genotypes has been confirmed. Mutations in the genome have been associated to antiviral therapy resistance, viral escape to neutralizing antibodies, occult infection and progression to hepatocellular carcinoma. Objective: To identify the genotypes and the presence of mutations in the coding region of the surface (S) antigen and the reverse transcriptase (RT) domain of the polymerase of HBV obtained from serum samples for hepatitis B diagnosis received by the Instituto Nacional de Salud during the period 2002-2014. Materials and methods: A total of 495 serum samples with previous HBsAg reactive result were used for molecular detection. A fragment of 1,591 nucleotides was sequenced, and the corresponding phylogenetic analysis was performed. Results: We detected the viral genome of HBV in 66 samples and 28 were successfully sequenced. The phylogenetic analysis allowed the identification of subgenotypes F3 and A2. The L180M and M204V resistance mutations were simultaneously identified in one sample, while the I169L resistance mutation was identified in another one. A single escape mutation, P120Q, was identified in one more. Two samples showed a deletion of 105 nucleotides in the preS1-preS2 region. Conclusions: The circulation of genotypes/subgenotypes F3 and A2 of HBV in Colombia was corroborated, as well as the presence of some resistance and escape mutations. The present study constitutes a contribution to the molecular epidemiology of HBV in Colombia.

Caracterización molecular de enterovirus no-polio procedentes de casos con parálisis residual / Molecular characterization of non-polio enteroviruses from residual paralysis cases. Colombia, 1992 - 1995

Las parálisis fláccidas agudas (PFA) tienen una amplia variedad de orígenes y de agentes causales: físicos (traumas), fisiopatológicos (Accidente cerebro vascular (ACV), tóxicos (drogas o químicos) e infecciosos (bacterias y virus). Entre estos últimos, el virus salvaje de la poliomielitis y el enterovirus 71 (EV71), son los agentes virales más frecuentes. Con la no-detección de poliovirus salvaje autóctono como agente causal de enfermedad paralítica en Colombia desde junio de 1991 y aislamientos de virus No-polio en el 20.84 por ciento del total de casos de PFA notificados anualmente, se quiso conocer el papel que jugan los enterovirus en la incidencia de parálisis fláccida Aguda y la dinámica de circulación y distribución de los mismos en Colombia, para lo cual, se revisó la base de datos epidemiológicos y clínicos de los casos notificados al programa de erradicación de la poliomielitis en Colombia a partir del 1º de enero de 1992 al 31 de diciembre de 1995. Se clasificaron los casos con base en la presencia de parálisis residual y la entidad clínica de descarte según valoración y clasificación realizada por el Grupo de control de patologías del Ministerio de Salud, el Programa Ampliado de Inmunizaciones (PAI), la Organización Panamericana de la Salud y la Organización Mundial de la Salud (OPS/OMS). Durante estos cuatro años, el Sistema de Vigilancia Epidemiológica de las parálisis fláccideas, notificó 856 casos en menores de 15 años, de los cuales, 346 (40.42 por ciento) presentaron paralisis residual, 331 (95.6 por ciento) tuvieron muestras de heces para estudio virológico. Se seleccionaron los casos con estudio virológico para Enterovirus (incluyendo poliovirus) y se encontró que las patologías más frecuentes fueron (Síndrome de Guillaín Barré, neuropatía periférica, encefalitis y meningitis virales, hemiplejía infantil aguda, esclerosis múltiple, mielitis transversa y mielopatías, miositis, polimiositis, monoparesia y dermatomiositis. De estos, 69 casos (20.84 por ciento) tuvieron aislamiento de virus No polio. En 16 casos (4.8 por ciento el aislamiento fue un poliovirus vacunal, 5 de los cuales (1.2 por ciento) se asociaron a poliomielitis paralítica post-vacunal. Se realizó identificación de serotipos mediante neutralización con mezclas de antisueros anti-enterovirus de Lim & Benyesh-Melnick -LBM- (40,41) y caracterización molecular mediante reacción en cadena de la polimerasa -PCR- utilizando primers complementarios a la región VP1 del...

Evaluación del efecto del ácido nalidíxico, ampicilina, kanamicina, penicilina G y polimixina B en los cultivos de promastigotes de leishmania / Evaluation the effect of nalidixic acid, ampicillin, kanamycin, penicillin G and polimyxin B in leishmania promastigote cultures

Se evaluó el efecto de diferentes concentraciones de ácido nalidíxico, ampicilina, kanamicina, penicilina G y polimixina B, sobre la población de promastigotes de Leishmania braziliensis braziliensis, Leishmania donovani chagasi y Leishmania mexicana amazonensis in vitro. La penicilina G y la ampicilina se pueden utilizar hasta concentraciones 1000 ug/ml y 500 ug/ml respectivamente en cultivo de promastigotes de cualquier cepa de Leishmania sin que éstos se afecten. La polimixina B disminuye la población de promastigotes por lo cual es preferible no usarse en cultivos de Leishmania. El ácido nalidíxico y kanamicina pueden ser utilizados in vitro pero teniéndose en cuenta la especie de Leishmania y la concentración de antimicrobiano recomendado para la misma